Pada hari pertama masuk sekolah Senin 11 Juli 2011, seluruh siswa, guru mula dari UNESA, bapak/ibu guru dan karyawan SMP Negeri 5 Sidoarjo berkumpul di lapangan upacara guna mengikuti kegiatan upacara bendera untuk pertama kalinya setelah menjalani libur semester genap tahun pelajaran 2010/2011. Dalam upacara bendera awal tahun pelajaran 2011/2012, sekaligus dilaksanakan Upacara pembukaan Masa Orientasi Siswa (MOS). Ditandai dengan penyematan tanda peserta MOS, kegiatan MOS SMP Negeri 5 Sidoarjo tahun pelajaran 2011/2012 resmi dibuka oleh Kepala SMP Negeri 5 Sidoarjo yaitu Bapak Drs. Mohammad Solliq, M.Pd.

Dalam arahannya, Kepala Sekolah selaku pembina upacara menghendaki agar pelaksanaan MOS pada tahun ini dihindari tata cara kekerasan baik fisik ataupun mental, diharapkan dalam pelaksanaan MOS diterapkan cara-cara yang sopan dan santun. Menurut Kepala Sekolah, kegiatan MOS sangat penting bagi peserta didik baru dalam rangka mengenal lingkunan serta karakter di SMP Negeri 5 Sidoarjo. Selama seminggu para siswa baru melaksanakan MOS, yang merupakan masa untuk beradaptasi, dan lebih mengenal lingkungan dan peraturan-peraturan, serta karakter yang ada di SMP Negeri 5 Sidoarjo.